教学科研单位
- 创意与创新学院
- 材料学院
- 财务管理与会计研究院
- 电影学院
- 法学院
- 电子科学与技术学院（国家示范性微电子学院）
- 公共卫生学院
- 国际学院
- 国际关系学院/南洋研究院
- 国际中文教育学院/海外教育学院
- 公共政策研究院
- 公共事务学院
- 管理学院
- 国学研究院/朱子学会
- 环境与生态学院
- 海洋与地球学院
- 化学化工学院
- 航空航天学院
- 健康医疗大数据国家研究院
- 继续教育学院
- 教育研究院
- 建筑与土木工程学院
- 经济学院
- 历史与文化遗产学院
- 马克思主义学院
- 能源学院
- 人文与艺术高等研究院
- 柔性电子（未来技术）研究院
- 人工智能研究院
- 社会与人类学院
- 石墨烯工程与产业研究院
- 萨本栋微米纳米科学技术研究院
- 生命科学学院
- 数学科学学院
- 碳中和创新研究中心
- 体育教学部
- 台湾研究院
- 物理科学与技术学院
- 王亚南经济研究院
- 外文学院
- 信息学院
- 习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心
- 厦门国际法高等研究院
- 新闻传播学院
- “一带一路”研究院
- 亚洲文明研究院
- 药学院
- 医学院
- 艺术学院
- 卓越工程师学院
直属单位
- 实验动物资源中心
- 美育与通识教育中心
- 现代教育技术与实践训练中心
- 招投标中心
- 厦门大学出版社
- 厦门大学汉语国际推广南方基地/孔子学院办公室
- 厦门大学学报（哲学社会科学版）编辑部
- 厦门大学学报（自然科学版）编辑部
- 教师发展中心
- 实验动物中心
- 信息与网络中心
- 图书馆
- 档案馆
党政机构
- 招生与考试办公室
- 巡视工作领导小组办公室
- 国内合作办公室
- 医科建设与管理办公室
- 翔安校区
- 漳州校区
- 机关党委
- 教育发展基金会秘书处
- 校友总会秘书处
- 校团委
- 校工会
- 基建处
- 实验室与设备管理处
- 资产与后勤事务管理处
- 财务处
- 保卫部（处）
- 审计处
- 国际合作与交流处/台港澳事务办公室/海外办学事务办公室
- 考试中心
- 招生办公室
- 社会科学研究处
- 科学技术处
- 继续教育管理处
- 教务处
- 研究生院
- 政策研究室/发展规划办公室
- 人才工作办公室/人事处
- 党校
- 离退休工作部（处）
- 学生工作部（处）/人民武装部
- 统战部
- 宣传部/教师工作部
- 组织部/党的建设工作办公室
- 监察处
- 纪律检查委员会、国家监委驻厦门大学监察专员办公室
- 学校办公室
- 厦门大学
学部
群众团体
附属机构及其他
- 鹭江创新实验室
- 附属龙岩中医院
- 附属翔安实验学校
- 翔安创新实验室
- 厦门大学平潭研究院
- 附属实验小学（漳州）
- 附属实验中学（漳州）
- 嘉庚创新实验室
- 附属妇女儿童医院
- 附属心血管病医院
- 附属第二中学
- 其他教学医院
- 南京军区驻厦门大学选培办
- 大学路派出所
- 附属福州第二医院
- 附属成功医院
- 附属东方医院
- 附属东南医院
- 附属厦门眼科中心
- 附属中山医院
- 附属第一医院
- 附属音乐学校
- 附属科技中学
- 附属演武小学
校办产业及后勤
协同创新中心
- 水环境健康与安全协同创新中心
- 半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心
- 福建媒体发展与对外传播协同创新中心
- 高等教育质量建设协同创新中心
- 公共政策与地方治理协同创新中心
- 中国（福建）自贸区协同创新中心
- 海洋生物资源开发利用协同创新中心
- 海西通信产业技术协同创新中心
- 生物制品协同创新中心
- 能源经济与能源政策协同创新中心
- 海洋碳汇与未来地球协同创新中心
- 细胞生物学协同创新中心
- 两岸关系和平发展协同创新中心
- 能源材料化学协同创新中心